Interseksefobie wordt gekenmerkt door een afwijzende houding en negatieve gevoelens ten opzichte van intersekse en intersekse mensen. Interseksefobie uit zich als minachting, vooringenomenheid, afkeer, haat of antipathie. Dit kan leiden tot interseksediscriminatie: het uitsluiten, beledigen, of anders behandelen van intersekse mensen.