Voor onderzoekers leidt de verschuiving van een medisch paradigma naar een mensenrechtenparadigma tot vragen die van invloed zijn op de kwaliteit van hun onderzoek. In het nieuwe mensenrechtenparadigma vinden zij het soms moeilijk om aspecten uit het medische paradigma los te laten. Misvattingen over intersekse binnen onderzoek ontstaan bijvoorbeeld als in medisch-wetenschappelijk onderzoek onderwerpen onderzocht worden die meer geschikt zijn voor sociaalwetenschappelijk onderzoek, of als medische ethiek botst met Kantiaanse ethiek.